Là một nhà tu hành xuất gia từ bé, nhưng ông vẫn để tóc. Năm 1959, ông vào Huế trọ ở chùa Báo Quốc và theo học tại Quốc học Huế. Tại chùa Báo Quốc có mở xưởng làm xì dầu. Ông được phân công phụ trách xem quá trình thuỷ phân có dư xút hoặc axít, hàm lượng đạm có từ bã đậu phụng. Năm 17 tuổi ông được đặc cách thi tú tài.

Năm 20 tuổi ông đậu cử nhân ngành triết học tại Viện Đại học Đà Lạt.

Từ 1965-1974 ông theo học tại Viện Đại học Wisconsin, Madison, Hoa Kỳ, lấy bằng tiến sĩ ngành Triết học. Luận án của ông tập trung vào lĩnh vực triết học Thế Thân (Philosophy of Vasubandhu); Vasubandhu là tên của một triết gia Ấn Độ lỗi lạc sống ở thế kỷ thứ 5.

Năm 1974-1975, ông là giáo sư Viện Đại học Vạn Hạnh - Sài Gòn, giảng dạy các môn tiếng Sanskrit, lịch sử triết học Ấn Độ, lịch sử Phật giáo Việt Nam

Từ 1975-1984, ông giảng dạy tại Viện nghiên cứu Phật học Vạn Hạnh - thành phố Hồ Chí Minh.[2]

Năm 1984, ông bị chính quyền Việt Nam bắt giam cùng với thượng tọa Thích Tuệ Sỹ, cả hai bị đưa ra xử vào năm 1988 và bị tuyên án tử hình, vì tội "tán thành, ủng hộ, che chở, đùm bọc hành động phản cách mạng, lật đổ chế độ xã hội chủ nghĩa" (vì ông tiếp tục lãnh đạo Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống Nhất khi hầu hết lãnh đạo của giáo hội đã gia nhập Giáo hội Phật giáo Việt Nam được nhà nước ủng hộ).[3] Sau đó nhờ sự can thiệp của các chính quyền Âu Mỹ, án được giảm xuống thành 20 năm cấm cố. Ông được phóng thích ngày 31 tháng 8 năm 1998, sau 14 năm giam cầm. Năm 1998 tổ chức Human Rights Watch đã tặng giải thưởng về nhân quyền Hellmann-Hamett Awards cho ông và 7 người Việt khác (Hoàng Tiến, nhà văn Lữ Phương, Nguyễn Ngọc Tần, Phạm Thái Thụy, Thích Tuệ Sỹ và 2 người được giấu tên).[4][5]

Từ 1998-đến nay: ông là giáo sư, Phó Viện trưởng - Viện Nghiên cứu Phật giáo Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh. Năm 2012 ông được bầu làm thành viên Ban thường trực của Hội đồng trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam nhiệm kỳ VII (2012 – 2017).[6]

Ông thông thạo hơn 15 thứ tiếng.[1]